دانش نامهٔ عنصری دی ان ای یا ان کد، ویا دانشنامهٔ اجزای دی ان ای، (به انگلیسی: ENCODE)، کوتاه شدهٔ (Encyclopedia of DNA Elements) و خود به معنی رمزنویسی، یک پروژهٔ پژوهشی دولتی است که توسط مؤسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان ایالات متحده آمریکا (NHGRI ان اچ جی آرآی) در سپتامبر ۲۰۰۳ راه اندازی شده است. (Genomic Research), این پروژه در آغاز به عنوان یک پیگیری برای پروژه ژنوم انسان به اجرا گذاشته شد. هدف پروژهٔ ان کد شناسایی همهٔ عناصر عملکردی در ژنوم انسان است.
ژنوم انسان، به گونه ای پیش رونویسی شده، که بیشتر جفت پایه های آن، حداقل با یک رونوشت اولیه و بسیاری از متن های پیوند مناطق دیستال به جایگاه کد کننده پروتئین هم پیوند است.
بسیاری از پروتئین هایدی ان ای بی رمز شناسایی شده اند، با بسیاری از این ها با جایگاه کد کننده پروتئین (با یکدیگر) تداخل دارند و دیگرانشان در مناطقی از ژنوم قرار دارند که قبلاً تصور می شد از نظر رونویسی غیرفعال باشند.
* شمار بسیار بالایی از سایت های ناشناخته ماندهٔ «آغاز رونویسی» شناسایی شده اند، که بسیاری از آنها ساختار کروماتین ی و ویژگی های پروتئین پیوندگر دی ان ای- توالی ویژه را؛ همانند پروموتر ها که به خوبی شناخته شده هستند، نشان می دهند.
توالی های تنظیمی که سایت های آغاز رونویسی را احاطه کرده اند به طور متقارن توزیع شده اند، بی آن که به سوی مناطق بالادست متمایل باشند.
* حضور داشتن و فعال بودن الگوهای دسترسی کروماتین و پیرایش هیستون، هر دو، در سایت های آغاز رونویسی بسیار قابل پیش بینی هستند.
سایت های دارای حساسیت فوق العاده دیستال DNaseI، الگوهای پیرایش هیستون مشخصه ای دارند که به صورت قابل اعتمادی آنها را از پروموترها متمایز می سازد؛ برخی از این سایت های دیستال علائمی که با عملکرد آن ها به عنوان عایق سازگار است را نشان می دهند.
زمان همانندسازی دی ان ای (تکثیر دی ان ای)، با ساختار کروماتین هماهنگ است.
در پستانداران، در مجموع ۵ درصد از پایگاه های ژنی در ژنوم می توانند با اطمینان به عنوان قرار داشتن زیر فشار تکاملی شناسایی شوند؛ برای حدود ۶۰٪ از این زیر فشار تکاملی ها، شواهدی از عملکردشان، بر اساس نتیجه های به دست آمده از سنجش های تجربی تا به امروز، انجام شده است.
هرچند زمینه های مشترک و کلی بین آن نواحی ژنومی که تحت فشار تکاملی مشخص قرار دارند به عنوان یک تابع به وسیلهٔ آزمایش تجربی نشان داده شده اند، همه پایگاه های درون این مناطق تجربیِ تعریف شده، شواهدی از محدودیت نشان نمی دهند.
…
...
کنسرسیومی از گروه های پژوهشی سراسر جهان در این پروژه فعالیت دارند، و داده های به دست آمده از این پروژه از راه پایگاه داده های عمومی قابل دسترسی است. این پروژه هم اکنون سرگرم پایان دادن به فاز سوم خود است، و برای اجرای مرحلهٔ چهارم آن پروژه تمدید خواهد شد.
برآورد شده که انسان ها در حدود ۲۰٫۰۰۰ ژن کد کنندهٔ پروتئین دارند، که در حدود ۱٫۵٪ از دی ان ای در ژنوم انسان را تشکیل می دهد. هدف اصلی پروژهٔ ان کد تعیین نقش مولفه های باقی مانده از ژنوم است؛ که بسیاری از آن ها؛ به شیوهٔ سنتی، به عنوان "دی ان ایِ ناخواسته" یا ("junk DNA") «آشغال» در نظر گرفته شده اند. فعالیت و بیان ژن های کد کنندهٔ پروتئین را می توان با گونه های اجزای دی ان ای، مانند پروموتر، توالی های تنظیمی رونویسی، و مناطق ساختاری کروماتین، و اصلاح هیستون آن ها تلفیق کرد. تصور می شود که دگرگونی ها در تنظیم فعالیت ژن می تواند تولید فرایندهای پروتئین و یاخته (سلول) را مختل و منجر به بیماری شود. (ان کد: سابقه و هدف پروژه). تعیین محل این عناصر نظارتی و چگونه آنها رونویسی ژن را تحت تأثیر قرار می دهند می تواند پیوند بین تغییرات در بیان ژنهای خاص و شکل گیری بیماری را نشان دهد.
همچنین، رمزگذاری ان کد؛ به عنوان یک منبع جامع، اجازه می دهد تا جامعهٔ علمی برای درک بهتری از این که چگونه ژنوم می تواند سلامت انسان را تحت تأثیر قرار دهد، و برای «برانگیختن توسعهٔ درمان های جدید برای پیشگیری و درمان این بیماری ها» در مد نظر قرار داشته است.
ژنوم انسان، به گونه ای پیش رونویسی شده، که بیشتر جفت پایه های آن، حداقل با یک رونوشت اولیه و بسیاری از متن های پیوند مناطق دیستال به جایگاه کد کننده پروتئین هم پیوند است.
بسیاری از پروتئین هایدی ان ای بی رمز شناسایی شده اند، با بسیاری از این ها با جایگاه کد کننده پروتئین (با یکدیگر) تداخل دارند و دیگرانشان در مناطقی از ژنوم قرار دارند که قبلاً تصور می شد از نظر رونویسی غیرفعال باشند.
* شمار بسیار بالایی از سایت های ناشناخته ماندهٔ «آغاز رونویسی» شناسایی شده اند، که بسیاری از آنها ساختار کروماتین ی و ویژگی های پروتئین پیوندگر دی ان ای- توالی ویژه را؛ همانند پروموتر ها که به خوبی شناخته شده هستند، نشان می دهند.
توالی های تنظیمی که سایت های آغاز رونویسی را احاطه کرده اند به طور متقارن توزیع شده اند، بی آن که به سوی مناطق بالادست متمایل باشند.
* حضور داشتن و فعال بودن الگوهای دسترسی کروماتین و پیرایش هیستون، هر دو، در سایت های آغاز رونویسی بسیار قابل پیش بینی هستند.
سایت های دارای حساسیت فوق العاده دیستال DNaseI، الگوهای پیرایش هیستون مشخصه ای دارند که به صورت قابل اعتمادی آنها را از پروموترها متمایز می سازد؛ برخی از این سایت های دیستال علائمی که با عملکرد آن ها به عنوان عایق سازگار است را نشان می دهند.
زمان همانندسازی دی ان ای (تکثیر دی ان ای)، با ساختار کروماتین هماهنگ است.
در پستانداران، در مجموع ۵ درصد از پایگاه های ژنی در ژنوم می توانند با اطمینان به عنوان قرار داشتن زیر فشار تکاملی شناسایی شوند؛ برای حدود ۶۰٪ از این زیر فشار تکاملی ها، شواهدی از عملکردشان، بر اساس نتیجه های به دست آمده از سنجش های تجربی تا به امروز، انجام شده است.
هرچند زمینه های مشترک و کلی بین آن نواحی ژنومی که تحت فشار تکاملی مشخص قرار دارند به عنوان یک تابع به وسیلهٔ آزمایش تجربی نشان داده شده اند، همه پایگاه های درون این مناطق تجربیِ تعریف شده، شواهدی از محدودیت نشان نمی دهند.
…
...
کنسرسیومی از گروه های پژوهشی سراسر جهان در این پروژه فعالیت دارند، و داده های به دست آمده از این پروژه از راه پایگاه داده های عمومی قابل دسترسی است. این پروژه هم اکنون سرگرم پایان دادن به فاز سوم خود است، و برای اجرای مرحلهٔ چهارم آن پروژه تمدید خواهد شد.
برآورد شده که انسان ها در حدود ۲۰٫۰۰۰ ژن کد کنندهٔ پروتئین دارند، که در حدود ۱٫۵٪ از دی ان ای در ژنوم انسان را تشکیل می دهد. هدف اصلی پروژهٔ ان کد تعیین نقش مولفه های باقی مانده از ژنوم است؛ که بسیاری از آن ها؛ به شیوهٔ سنتی، به عنوان "دی ان ایِ ناخواسته" یا ("junk DNA") «آشغال» در نظر گرفته شده اند. فعالیت و بیان ژن های کد کنندهٔ پروتئین را می توان با گونه های اجزای دی ان ای، مانند پروموتر، توالی های تنظیمی رونویسی، و مناطق ساختاری کروماتین، و اصلاح هیستون آن ها تلفیق کرد. تصور می شود که دگرگونی ها در تنظیم فعالیت ژن می تواند تولید فرایندهای پروتئین و یاخته (سلول) را مختل و منجر به بیماری شود. (ان کد: سابقه و هدف پروژه). تعیین محل این عناصر نظارتی و چگونه آنها رونویسی ژن را تحت تأثیر قرار می دهند می تواند پیوند بین تغییرات در بیان ژنهای خاص و شکل گیری بیماری را نشان دهد.
همچنین، رمزگذاری ان کد؛ به عنوان یک منبع جامع، اجازه می دهد تا جامعهٔ علمی برای درک بهتری از این که چگونه ژنوم می تواند سلامت انسان را تحت تأثیر قرار دهد، و برای «برانگیختن توسعهٔ درمان های جدید برای پیشگیری و درمان این بیماری ها» در مد نظر قرار داشته است.
wiki: دانشنامه اجزای دی ان ای