ماتریس های فاصله در فیلوژنی طبق همان روش که فاصلهٔ غیر پارامتری قبلاً در میان داده های phenetic و به شکل ماتریسی از فاصله های دوتایی استفاده شده است به کار می رود. این فاصله ها بعداً طوری تطبیق داده می شود که بتواند یک درخت (یک فیلوگرام با طول شاخه های اطلاعاتی) تولید کند. ماتریس فاصله را می توان از منابع مختلفی بدست آورد.
به طور مثال: فاصلهٔ اندازه گیری شده (مثلاً از مطالعات ایمونولوژیکی)، تحلیل های مورفومتریک و فرمول های فاصله گذاری مختلف (مانند فاصلهٔ اقلیدسی) و پیاده کردن ان بر روی کاراکترهای مورفولوژیکی گسسته، یا فاصله های ژنتیکی برامده از توالی قطعات محدود. در مورد داده های کاراکترهای فیلوژنتیکی فاصلهٔ خام را می توان به سادگی و با شمارش تعداد دوتایی های متمایز در نواحی کاراکتری محاسبه کرد (فاصلهٔ منهتن).
روش های یافتن ماتریس فاصله در تحلیل های فیلوژنتیکی متّکی بر اندازه گیری فاصلهٔ ژنتیکی بین توالی های دسته بندی شده است بنابراین پیش نیاز این کار یک تطابق چندگانه توالی ها (multiple sequence alignment) است. فاصله معمولی به عنوان تابعی از تمایزها (mismatch) تعریف می شود و شکاف ها (gap) نیز به طور دلخواه حذف یا به عنوان تمایز در نظر گرفته می شود.
روش های فاصله گذاری سعی شان بر اینست که ماتریسی بسازند که فاصلهٔ هر جفت از توالی ها را مشخص کند. با استفاده از این اطلاعات درخت فیلوژنتیکی ساخته می شود که در ان توالی هایی که شباهت بسیار زیادی به هم دارند تحت ریشه های مشترک قرار می گیرند و طول شاخه ها نیز نمایانگر فاصلهٔ بین توالی هاست. ماتریس های فاصله بنابر الگوریتمی که برای ساختن شان به کار میرود می توانند هم درخت های ریشه دار بسازند و هم درخت های بدون ریشه.
به طور مثال: فاصلهٔ اندازه گیری شده (مثلاً از مطالعات ایمونولوژیکی)، تحلیل های مورفومتریک و فرمول های فاصله گذاری مختلف (مانند فاصلهٔ اقلیدسی) و پیاده کردن ان بر روی کاراکترهای مورفولوژیکی گسسته، یا فاصله های ژنتیکی برامده از توالی قطعات محدود. در مورد داده های کاراکترهای فیلوژنتیکی فاصلهٔ خام را می توان به سادگی و با شمارش تعداد دوتایی های متمایز در نواحی کاراکتری محاسبه کرد (فاصلهٔ منهتن).
روش های یافتن ماتریس فاصله در تحلیل های فیلوژنتیکی متّکی بر اندازه گیری فاصلهٔ ژنتیکی بین توالی های دسته بندی شده است بنابراین پیش نیاز این کار یک تطابق چندگانه توالی ها (multiple sequence alignment) است. فاصله معمولی به عنوان تابعی از تمایزها (mismatch) تعریف می شود و شکاف ها (gap) نیز به طور دلخواه حذف یا به عنوان تمایز در نظر گرفته می شود.
روش های فاصله گذاری سعی شان بر اینست که ماتریسی بسازند که فاصلهٔ هر جفت از توالی ها را مشخص کند. با استفاده از این اطلاعات درخت فیلوژنتیکی ساخته می شود که در ان توالی هایی که شباهت بسیار زیادی به هم دارند تحت ریشه های مشترک قرار می گیرند و طول شاخه ها نیز نمایانگر فاصلهٔ بین توالی هاست. ماتریس های فاصله بنابر الگوریتمی که برای ساختن شان به کار میرود می توانند هم درخت های ریشه دار بسازند و هم درخت های بدون ریشه.